STUDI DOCKING MOLEKULAR SENYAWA KUERSETIN DAN HESPERITIN SEBAGAI INHIBITOR SEL KANKER DENGAN AUTODOCK VINA
Abstract
Kuersetin dan Hesperitin merupakan turunan dari senyawa Flavonoid yang berbeda kelas, Kuersetin kelas Alkohol, sedangkan Hesperetin kelas Alkanon. Docking Molekular, suatu ilmu penelitian secara in silico atau via perangkat lunak (program komputer) dan ditujukan untuk memprediksikan interaksi antara ligan (key) dengan reseptor (lock) dari ikatan hidrogen yang terbentuk. Autodock VINA adalah salah satu program Docking Molekular yang ada, diciptakan oleh Dr. Oleg Trott untuk meningkatkan efisiensi waktu pengerjaan dan akurasi dalam analisa. Dalam penelitian ini masing-masing dari senyawa Kuersetin dan Hesperitin akan di-Docking terhadap dua macam contoh reseptor, sel kanker otak (1S63) dengan ligan aslinya 778 dan sel kanker paru-paru (2ITO) dengan ligan aslinya IRESSA, terlebih dahulu dilakukan optimasi geometri, minimisasi energi juga validasi metode. Penelitian iniditujukan untuk menjelaskan perbandingan Kuersetin, Hesperitin dan ligan-ligan asli sebagai kandidat bahan obat anti kanker. Percobaan Docking, memberikan hasil Kuersetin dan Hesperitin membentuk ikatan hidrogen terhadap asam amino dari masing-masing reseptor. Hal ini menunjukkan bahwa Kuersetin dan Hesperitin memiliki kemampuan sebagai inhibitor, terutama pada sel kanker paru-paru (2ITO), karena potensi keduanya lebih baik dari ligan IRESSA. Walaupun Kuersetin dan Hesperitin tak memiliki potensi lebih baik dari ligan 778 pada sel kanker paru-paru, keduanya masih dapat digunakan sebagai bahan obat alternatif dari anti kanker.
Downloads
Download data is not yet available.
References
Bublil, E. M., and Yarden, Y. (2007) The EGF receptor family: Spearheading A Merger Of Signaling And Therapeutics. Curr.Opin. Cell Biol. 19, 124 –134
Evolution. Comparative Biochemistry and Physiology Part B Biochemistry molecular biology, v. 126, n. 1, p. 1-7.
Ellington, W R. Evolution and Physiological Roles Of Phosphagen Systems. Annual Review of Physiology, v. 63, p. 289-325, 2001.
Gabrielsson J, Jonsson H, Airiau C, Schmidt B, Escott R, Trygg J. The OPLS methodology for analysis of multi-block batch process data. J Chemometrics 2006; 20: 362-369.
Gaddam Sandeep, Kurre Purna Nagasree, Muppaneni Hanisha, Muthayala Murali And Krishna Kumar. 2011. AUDocker LE: A GUI Virtual Screening With AutoDock Vina. BMC Research Notes 2011;4:445.
Garrett, T. P., McKern, N. M., Lou, M., Elleman, T. C., Adams,T. E., Lovrecz, G. O., Zhu, H. J., Walker, F., Frenkel, M. J.,Hoyne, P. A., Jorissen, R. N., Nice, E. C., Burgess, A. W., andWard, C. W. (2002) Crystal Structure of Truncated Epidermal Growth Factor Receptor Extracellular Domain Bound to Trans-forming growth factor alpha. Cell 110, 763–773
Jensen, F. (1999), Introduction to Computational Chemistry, John Willey and Sons, New York.Kannabiran, Avinash Gaikwad, Harish Sura, Shaphrang B, Shalini K, Moutrisha Ray, Krishman. 2011. Prediction Of Interaction Between Antitumor Compunds And Target Protein Of Different Cancer By In SilicoMolekular Docking Studies.Pharmacologyonline 3: 692-699
Leach, A.R. (1999), Molecular Modelling: Principles and Applicaton, Prentice Hall, England.
Levita, Jutti&Mustarichie, Resmi. 2012. Pemodelan Molekul Dalam Kimia Medisinal. GrahaIlmu: Yogyakarta.
Mc Leish, M. J.; Kenyon, G. L. Relating Structure To Mechanism In Creatine Kinase. Critical Reviews in Biochemistry and Molecular Biology, v. 40, n. 1, p. 1-20, 2005.
Muhlebach, S. M.; Gross, M.; Wirz, T. et al. Sequence Homology And Structure Predictions Of The Creatine Kinase Isoenzymes. Molecular and Cellular Biochemistry, v.133-134, p. 245-262, 1994.
Najib, Ahmad. 2009. Pengembangan Molekul Obat Dengan Homologi Modeling.Universitas Muslim Indonesia: Makassar.
Ogiso, H., Ishitani, R., Nureki, O., Fukai, S., Yamanaka, M., Kim,J. H., Saito, K., Sakamoto, A., Inoue, M., Shirouzu,M., and Yokoyama, S. (2002) Crystal Structure Of the Complex of Human Epidermal Growth Factor and Receptor Extracellular Domains. Cell 110, 775–787
Pranowo, HarnoDwi. 2009. Peran Kimia Komputasi Dalam Desain Molekul Obat. UGM : Yogyakarta
Pranowo, HarnoDwi. 2011. Pengantar Kimia Komputasi. LubukAgung : Bandung
Prianto, Bayu, 2007, Pemodelan Kimia Komputasi. BeritaDirgantara. Vol. 8 Hal 1-2
Evolution. Comparative Biochemistry and Physiology Part B Biochemistry molecular biology, v. 126, n. 1, p. 1-7.
Ellington, W R. Evolution and Physiological Roles Of Phosphagen Systems. Annual Review of Physiology, v. 63, p. 289-325, 2001.
Gabrielsson J, Jonsson H, Airiau C, Schmidt B, Escott R, Trygg J. The OPLS methodology for analysis of multi-block batch process data. J Chemometrics 2006; 20: 362-369.
Gaddam Sandeep, Kurre Purna Nagasree, Muppaneni Hanisha, Muthayala Murali And Krishna Kumar. 2011. AUDocker LE: A GUI Virtual Screening With AutoDock Vina. BMC Research Notes 2011;4:445.
Garrett, T. P., McKern, N. M., Lou, M., Elleman, T. C., Adams,T. E., Lovrecz, G. O., Zhu, H. J., Walker, F., Frenkel, M. J.,Hoyne, P. A., Jorissen, R. N., Nice, E. C., Burgess, A. W., andWard, C. W. (2002) Crystal Structure of Truncated Epidermal Growth Factor Receptor Extracellular Domain Bound to Trans-forming growth factor alpha. Cell 110, 763–773
Jensen, F. (1999), Introduction to Computational Chemistry, John Willey and Sons, New York.Kannabiran, Avinash Gaikwad, Harish Sura, Shaphrang B, Shalini K, Moutrisha Ray, Krishman. 2011. Prediction Of Interaction Between Antitumor Compunds And Target Protein Of Different Cancer By In SilicoMolekular Docking Studies.Pharmacologyonline 3: 692-699
Leach, A.R. (1999), Molecular Modelling: Principles and Applicaton, Prentice Hall, England.
Levita, Jutti&Mustarichie, Resmi. 2012. Pemodelan Molekul Dalam Kimia Medisinal. GrahaIlmu: Yogyakarta.
Mc Leish, M. J.; Kenyon, G. L. Relating Structure To Mechanism In Creatine Kinase. Critical Reviews in Biochemistry and Molecular Biology, v. 40, n. 1, p. 1-20, 2005.
Muhlebach, S. M.; Gross, M.; Wirz, T. et al. Sequence Homology And Structure Predictions Of The Creatine Kinase Isoenzymes. Molecular and Cellular Biochemistry, v.133-134, p. 245-262, 1994.
Najib, Ahmad. 2009. Pengembangan Molekul Obat Dengan Homologi Modeling.Universitas Muslim Indonesia: Makassar.
Ogiso, H., Ishitani, R., Nureki, O., Fukai, S., Yamanaka, M., Kim,J. H., Saito, K., Sakamoto, A., Inoue, M., Shirouzu,M., and Yokoyama, S. (2002) Crystal Structure Of the Complex of Human Epidermal Growth Factor and Receptor Extracellular Domains. Cell 110, 775–787
Pranowo, HarnoDwi. 2009. Peran Kimia Komputasi Dalam Desain Molekul Obat. UGM : Yogyakarta
Pranowo, HarnoDwi. 2011. Pengantar Kimia Komputasi. LubukAgung : Bandung
Prianto, Bayu, 2007, Pemodelan Kimia Komputasi. BeritaDirgantara. Vol. 8 Hal 1-2
Published
2016-04-26
How to Cite
MUTTAQIN, Hevin; SALEH, Chairul; GUNAWAN, Rahmat.
STUDI DOCKING MOLEKULAR SENYAWA KUERSETIN DAN HESPERITIN SEBAGAI INHIBITOR SEL KANKER DENGAN AUTODOCK VINA.
PROSIDING SEMINAR NASIONAL KIMIA, [S.l.], apr. 2016.
Available at: <http://jurnal.kimia.fmipa.unmul.ac.id/index.php/prosiding/article/view/129>. Date accessed: 24 apr. 2024.
Section
ARTIKEL
