Setiap artikel yang di-submit ke Jurnal Atomik akan diseleksi oleh dewan editorial. Pada saat itu artikel akan dikirim ke analis dan proses penyaringan plagiarisme. Selanjutnya artikel akan dikirim kembali ke penulis untuk diubah dalam waktu seminggu. Setelah penulis melakukan perubahan, artikel dikirim ke reviewer internal dan atau eksternal yang sesuai dengan bidang artikel. Proses ini akan memakan waktu 3-4 minggu. Setelah mendapat jawaban dari reviewer, editor berhak menerima, menolak, atau memberikan kesempatan untuk memperbaiki artikel sesuai dengan saran reviewer.